用戶將真空干燥箱放置在固定的位置之后，首先需要連接真空泵（立式真空干燥箱內置真空泵，可跳過此操作），將真空烤箱的進氣管，用真空橡膠管與真空泵鏈接，接通真空泵電源。然后打開真空干燥箱的箱門，將需要真空干燥處理的物品放入真空干燥箱隔板上，將箱門關上并檢查是否關好。再關閉放氣閥，開啟真空閥，打開真空泵電源開關開始抽氣，使箱內達到真空度-0.09Mpa到-0.1MPa，結束抽取真空，先關閉真空閥，再關閉真空泵電源開關。到此真空已經抽取完畢，下面需要進行加熱升溫操作，開啟真空干燥箱的開關電源，等待溫控儀表啟動結束，使用儀表上的移位鍵和上下鍵調節用戶需求的溫度和加熱的時間。儀表具有記憶功能，斷電后下次開機還默認上次輸入的數據。如果溫度及時間需要改變，請在溫控儀表上重新設定即可。根據不同的物品自身含有的水份不同，選擇不同的干燥溫度及時間，如機器運行一段時間后，發現真空度下降，需再次抽氣恢復真空度。此現象為正常，因為溫度升高，部分液體或有機溶劑揮發，體積膨脹所導致的。

DZF-6050型號真空干燥箱，為臺式干燥箱結構，又稱臥式結構，真空泵是外置的。其工作室的尺寸為：W415*D370*H345 MM，標配2塊不銹鋼移動式隔板。溫度范圍可選擇250℃度或300℃度，溫控儀表的定時時間上限為9999分鐘。真空度可達133PA，真空泵顯示0.1MPA，配置2升每分鐘流量的真空泵，約1分鐘可完成抽取真空。選擇多段式溫控儀表及真空度自動控制，可實現多段溫度及加熱時間全自動控制，如真空度發現偏移時，全自動真空度控制器可以自動完成抽取真空的工作，無需人為干預。當樣品包含的水含量過高時，如烘烤的粉末類物品，三清儀器建議需要在真空泵的內膽與真空泵中間加裝冷凝器及真空罐，達到回收樣品所揮發出來的水份及有機溶劑的目的。因為真空干燥箱的內部空間處于真空狀態，無熱傳遞介質的存在，僅通過分散布置在干燥箱內膽外壁的加熱器熱輻射來升高溫度，所以真空烤箱的溫度均勻性無法與普通的鼓風干燥箱的溫度均勻性相比較。但真空烤箱的真空環境也有著普通恒溫烤箱無法相提并論的優點。真空環境降低了液體的沸點，不僅可以應用于熱敏性物質，還可以有效縮短干燥時間。對于構造復雜的樣品清洗后使用真空干燥箱，干燥會更加徹底。在真空或充入惰性氣體的環境下，可避免氧化物遇熱爆炸的可能。